Hlavním důvodem šlechtění je snaha vypěstovat rostliny barevně i tvarově odlišné od typů, které rostou v přírodě. Kříženci jsou také přizpůsobivější, většinou lépe rostou a jsou odolnější proti chorobám. Při šlechtění používáme záměrné křížení a výběry.
Protože všechny lilie mají stejný počet, tj. 24 chromozomů (s výjimkou běžných forme L. tigrinum, které jich mají 36 a jsou prakticky sterilní), zdálo by se, že se všechny druhy mohou navzájem dobře křížit. Není to však tak snadné. Čím více mají dvě lilie shodných vlastností, tím lépe se kříží a naopak. Většinou také platí, že se obtížně kříží lilie, které rostou v přírodě společně.
Snadná křížení, která bývají většinou úspěšná, jsou např. l. martagon X L. hansonii (mateřskou rostlinou je L. martagon), L. chalcedonicum X L. candidum, vzájemné křížení různých typů L. X hollandicum a sprašování různých trubkovitých lilií (L. sargetiae, L. leucanthum var. centifolium a L. sulphureum a jejich kříženců) a „Aurelian hybridů“ mezi sebou. Poměrně snadná je i vzájemná hybridizace kavkazských druhů a křížení L. auratum s L. speciosum.
Obtížnější je křížení přírodních druhů uvedených trubkovitých lilií s l. henryi a amerických druhů mezi sebou. Poměrně nejsnadnější křížení jsou L. grayi X L. canadense, L. michiganense X. L. pardalinum var. giganteum, L. parryi X L. pardalinum a X L. humboldtii. Ačkoliv L. auratum X L. speciosum se dá křížit poměrně snadno, složití kříženci L. rubellum a japonicum s L. auratum a L. speciosum se však nedají získat tak lehce. Při křížení L. speciosum (jako mateřské rostliny) s L. auratum se vytvářejí v semenu inhibitory, které zabraňují jeho klíčení. Je to hlavně kyselina ferulová, která poškozuje přímo embrya a maldé semenáčky tím, že působí nádorové bujení jejich pletiv. Taková hybridní semena se musí před vysetím propírat alespoň po dobu 24 hodin, tekoucí vodou, která vetšinu inhibitorů vyplaví. Také se osvědčuje pěstovat sterilně vyňatá embrya ve zkumavkách na živném svarovém médiu podobného složení, jaké se používá pro výsevy orchidejí. Vznik nadměrného množství kyseliny ferulové je dobrým příkladem toho, že křížení může někdy vést k získání škodlivých vlastností. Uvedený případ je ukázkou jednoho z přírodních mechanismů, bránících hromadnému křížení spolu rostoucích druhů, které by vedlo k zániku původních druhů.
Obtíže působí při křížení také L. regale, L. canadense a L. pardalinum, jsou-li použity jako mateřské rostliny. Semenáčky se jim totiž téměř všechny značně podobají. Vysvětlení je třeba hledat v tom, že se znaky těchto druhů předávají dominantně, a proto převládnou nad znaky získanými z rostliny otcovské.
Zásadou při křížení je, že pyl, kterým křížíme, musí být na blizně mateřského květu první. Dále nesmí být vlhký nebo příliš starý. Také blizna má být schopna opálení; to poznáme podle vylučování lepkavého sekretu. Pyl nanesený dříve, než je schopna blizna přijmout, obvykle vydží a zůstane klíčivý, je-li chráněn před deštěm.
Pro křížení používáme na mateřské rostlině především první, tj. dolní květy. Brzy ráno, když se květ počne otvírat, vyštípeme pinzetou prašníky, aby nedošlo ka samoopylení, po odstranění prašníků naneseme na bliznu připravený pyl a zakryjeme proti nežádoucímu dalšímu opálení hmyzem. Nejjednodušší je navinout na konec silnější tužky kousek staniolu, vzniklou trubičku navléknout na opálenou bliznu a oba konce rourky stisknout.
Pokud otcovská (pylová) rostlina kvete dříve a mateřskou ostlinu nemáme přirychlenou, můžeme pyl uchovat bez poškození i několik měsíců. Postupujeme při tom tak, že dobře vyvinuté prašníky necháme ihned po jejich otevření volně zaschnout na papíru ve stínu (v místnosti) a uložíme je v uzavřené nádobě s vysoušecím prostředkem (exsikátoru) v chladnu, nejlépe v chladničce. Pro vysoušení je nejpohodlnější silikagel, je však možné použít i vyžíhaný chlorid vápenatý, kysličník fosforečný, popřípadě s náležitou opatrností i koncentrovanou kyselinu sírovou. Dr. R. W. Lighty doporučuje také rychle vysušit prašníky pod rozsvícenou stolní lampou. Teplota však nesmí přesáhnout 35°C.
Někdy se při křížení používá i směs malého množství pylu mateřské rostliny nebo rostliny téhož druhu s velkým množstvím pylu cizí odrůdy, kterou chceme křížit. Využívá se poznatek, že pyl téhož druhu podceňuje čnělku k dobré výživě prorůstajících pylových láček a vajíčka semeníku se udržují ve stavu schopném oplození. Cizí pyl to často nedovede, ve směsi pylů však přesto pylová láčka prorůstá, protože je vyživována spolu s pylem vlastním. Dokonce se někdy používá směs mnoha různých druhů pylu. Tento způsob křížení má však jednu základní vadu. Nikdy totiž nevíme, za jakého opálení vznikl určitý semenáč.
U sožitých kříženců se často setkáváme s údajem např. ½ auratum,, ¼ speciosum, ¼ rubellum. To znamená, že původní kříženec L. auratum X L. speciosum byl křížen s jiným hybridem původu L. auratum X L. rubellum, takže konečné zastoupení rodičů v křížení odpovídá uvedenému údaji. U jednotlivých rostlin však poměr znaků může být jiný. Průkaz původu je možný jedině zjištěním tvaru jednotlivých chromozomů (je různý podle druhu lilie).
Okamžitě po opálení zavěsíme na stopku květu jmenovku s označením křížení. Píšeme obě rostliny, mateřskou jako první. Nespoléhejte nikdy na to, že budeme až do podzimu pamatovat, jak jsem opylovali.
Jakmile semeníkpočíná na spičce praskat, což je znamení, že dozrál, utrhneme ho s celou stopkou a přivěšenou jmenovkou a necháme v otevřeném papírovém sáčku doschnout. Po doschnutí je třeba z osiva odstranit plevy a semena bez embryí, která ve výsevní misce jen zbytečně tlejí. Nejrychleji to provedeme na zdola prosvětlené mléčné skleněné desce1).
Semena uchováváme v chladu (do 10°C) a v suchu. Nesmíme zapomínat, že každé semeno má jen neomezenou zásobu živin, kterou spotřebovává i před vyklíčením, a to tím více, čím aktivnější je embryo. Metabolismus zvyšuje větší teplota a hlavně vlhkost, která podněcuje klíčení. Nevhodně uložená semena mohou i odumřít. Klíčivost semen lilií je různá, u epigeických druhů činí většinou 50-80% u druhů klíčících hypogeicky vzchází první rok málokdy více než 60% semen; to však neznamená, že ostatní nevyklíčí v příštích dvou letech.
