Vnitřní uspořádání rodu lilium L. je různé podle autorů systémů. Uvěďme si jedno z nejnovějších a pro pěstitele nejcennějších, které uveřejnil v roce 1949 H. C. Conner. Sestavil lilie do skupin nejen na základě vnější podobnosti, ale i vnitřní příbuznosti (dané podobností genetického kódu), což se projevuje v tom, že se druhy téže skupiny dají navzájem křížit s větším úspěchem než druhy skupin rozdílných. Relativní vzdálenost mezi jednotlivými přírodními druhy v přehledu udává stupeň příbuznosti a vzájemné spojení skupin je možné přes druhy, u nichž končí spojovací čára. Toto schéma, i když není jistě konečné, velmi usnadňuje pěstiteli přehled o možnostech a snadnosti křížení.

V posledních letech přesáhly kulturní, hybridní rostliny jak počtem, tak i významem přírodní druhy. Proto bylo nutné zavést pro zahradnickou praxi umělou klasifikaci, stejně jako již dříve pro tulipány nebo narcisy. Toto třídění sestavil Jan de Graaff a po určitých změnách bylo doporučeno k praktickému použití dvěma největšími světovými liliářskými společnostmi, americkou North Američan Lily Society a britskou Lily Group of The Royal Horticultural Society. Názvy skupin sice nejsou někde přesné (evropské L. bulbiferum) je například zahrnuto v asijských liliích – hybridech) a výstižné, jak vidíme na 6. skupině, přesto však dnes nemáme nic lepšího.

Dnes platný zahradnický systém rozdělení lilií do skupin:

1. skupina . „Asijské hybridy“ – zahrnuje křížence vzniklé z L. amabile, L. bulbiferum, L. cernuum, L. davidii, L. X hollandicum, L. X maculatum, L. leichtlinii i s var. maximowiczii, L. pumilum a L. tigrinum.

1a) Časně kvetoucí lilie s miskovitými, vzhůru obrácenými květy, v okolících.
Typ: L. X hollandicum, ´Enchantment´

1b) Kříženci s květy obrácenými do stran.
Typ: ´Prosperity´, Brandywine´.

1c) Lilie s pronilými kvety.
Typ: „Fiesta hybridy“, „Harlequin hybridy“.

2. skupina – „Martagon hybridy“ – zahrnuje křížence L. martagon s L. hansonii a popřípadě dalšími liliemi.
Typ: „Backhouse hybridy“, „Paisley hybridy“.

3. skupina – „Candidum hybridy“ – zahrnuje křížence L. candidum, L. chalcedonicum nebo jiných evropských druhů.
Typ: L. X testaceum.

4. skupina – „Americké hybridy“ – zahrnuje vzájemné křížence amerických druhů.
Typ: „Bellingham hybridy“ , hybridy L. bolanderi.

5. skupina – „ Longiflorum hybridy“ – zahrnuje křížence L. longiflorum a L. formasanum, nikoliv však jejich polyploidní odrůdy.
Typ: ´Formobel´.

6. skupina – „Trubkovité hybridy“1) – zahrnuje vzájemné křížence asijských trubkovitých lilií, jako L. regale, L. sargentiane, L. leucanthum var. centifoliím a L. sulphureum nebo jejich hybridy s L. henryi; do této skupiny nepatří kříženci obsahující L. speciosum, L. auratum, L. rubeolám, L. japonicum, L. longiflorum, L. formasanum, L. wallichianum, L. neilgherrense a L. philippinense.

6a) Čínské trubkovité lilie.
Typ: „Olympic hybridy“, ´Royal Gold´, ´Limelight´.

6b) Lilie s miskovitými květy obrácenými víceméně do stran.
Typ: ´Heart´s desire´.

6c) Lilie s květy proniklými.
Typ: ´Golden Showers´, ´Canthedral´.

6d) Lilie s květy typu ´Sunburst´ (´Corona´) – ploché hvězdicovité květy některých „Aurelian hybridů“.
Typ: ´Golden Sunburst Strain´, ´Bright Star´.

7. skupina – „Orientální hybridy“ – zahrnuje křížence L. auratum, L. speciosum, L. japanicum, L. rubellum a rovněž jejich křížence s L. henryi.

7a) Lilie s trubkovitými květy.
Typ: ´Purity´.

7b) Lilie s miskovitými květy.
Typ: ´Empress of India´.

7c) lilie s plochými květy obrácenými do stran.
Typ: ´Jillian Wallace´, ´Imperial Silver´.

7d) Lilie s turbanovitými květy,
Typ: „Potomac hybrids“, ´Allegra´, ´Black Beauty´.

8. skupina – různé hybridy, které nelze zařadit do žádné z předchozích skupin.

9. skupina – „Původní druhy a jejich botanické formy“.